Angl. Pathogenesis – tai patologinių, fiziologinių ir biocheminių procesų visuma, lemianti ligos ar būklės atsiradimą. Atsako į klausimą “kaip vystosi liga?”

Patogenezė glaudžiai susijusi su etiologija. Pvz.: T1D etiologija yra tiksliai nežinoma (nėra aišku, kas sukelia imuninės sistemos ataką), o patogenezė – autoimuninis kasos beta ląstelių pažeidimas, sukeliantis absoliutų insulino trūkumą.